مجتمع دارای معاونتها و زیرمجموعههای مختلف زیر است:
الف) معاونت علمی که با هدف فعالیّتهای علمی و آموزشی و ارتقای کمی و کیفی مدرسه علوم دینی صدرالاسلام (برادران و خواهران) و ایجاد هماهنگی و وحدت رویه با دیگر مدارس تشکیل شده است.
ب) معاونت قرآنی با هدف آموزش قرآن کریم، حفظ، احیا و ارتقای فرهنگ قرآنی، فراهم شدن بستر مناسب جهت رشد و توسعهی فعالیّتهای قرآنی، تربیت یافتن نیروهای متخصّص و بهکارگیری آنها در جای مناسب و نهادینه شدن فرهنگ حفظ قرآن در همهی سطوح جامعه از طریق توسعهی مدارس حفظ قرآن، دارالقرآنها، مهدهای قرآن، بوستانهای قرآن و سایر مراکز قرآنی مشغول فعالیت میباشد.
ج) معاونت اجتماعی با هدف تطبیق آموزههای دینی و تعمیق ارزشهای اسلامی در جامعه و ساماندهی ظرفیتهای اجتماعی مجتمع و مدیریت آن، به وجود آمده است و نهادهایی مانند: شورای ائمهی جمعه و جماعت، کمیتههای دانشآموزی و دانشجویی، نمایندهی هیئت فتوا، شورای بانوان و … زیرمجموعهی این معاونت هستند.
د) معاونت اداری مالی که با هدف برنامهریزی جهت ادارهی هرچه بهتر فعالیّتهای مجتمع و همچنین برنامهریزی در جهت بهینهسازی و استفاده درست از منابع انسانی و مالی، همچنین مدیریت، حفظ و نگهداری اموال مجتمع به وجود آمده است.