تُحدَّد أهداف المجمع في معاونياته الأربع، وكل معاونية أُنشئت لهدف محدد:
- المعاونية العلميةالمعاونية العلمية، أُنشئت بهدف الأنشطة العلمية والتعليمية والارتقاء كمّاً ونوعاً بمدرسة صدر الإسلام للعلوم الدينية (للإخوة والأخوات)، وتحقيق التنسيق ووحدة النهج مع المدارس الأخرى.
- المعاونية القرآنيةتعمل المعاونية القرآنية بهدف تعليم القرآن الكريم وحفظه وإحياء الثقافة القرآنية والارتقاء بها، وتهيئة الأرضية المناسبة لنمو الأنشطة القرآنية وتطويرها، وتأهيل الكوادر المتخصصة وتوظيفها في المكان المناسب، وترسيخ ثقافة حفظ القرآن في جميع مستويات المجتمع، من خلال تطوير مدارس الحفظ ودور القرآن وروضات القرآن وبساتين القرآن وسائر المراكز القرآنية.
- المعاونية الاجتماعيةأُنشئت المعاونية الاجتماعية بهدف تطبيق التعاليم الدينية وترسيخ القيم الإسلامية في المجتمع وتنظيم القدرات الاجتماعية للمجمع وإدارتها، وتندرج تحتها مؤسسات مثل: مجلس أئمة الجمعة والجماعة، واللجان الطلابية والجامعية، وممثل هيئة الإفتاء، ومجلس النساء وغيرها.
- المعاونية الإدارية والماليةأُنشئت المعاونية الإدارية والمالية بهدف التخطيط لإدارة أفضل لأنشطة المجمع، وتحسين الاستفادة من الموارد البشرية والمالية واستخدامها بشكل صحيح، وكذلك إدارة أموال المجمع وحفظها وصيانتها.
